全院共36个科室，其中临床科室15个（有内、外、妇、儿、中医、康复、五官传染等科），医技科室7个（有功能、检验、放射、病理、CT、药剂等科），行政后勤智能科室14个，教研室5个,是石河子大学医学院、新疆医科大学、阿克苏职业技术学院等高等专业院校的教学实习医院。担负着全地区八县一市214万多各族人民的医疗、预防、保健任务，年门诊量20多万人次，年收住病人1万多人次，是阿克苏地区医疗、教学、科研中心。2000年10月竣工投入使用的“阿克苏上海医疗急救中心”，是南疆最大的急救中心，该中心采用宾馆化设计，病房设有中央空调、卫生间、闭路电视、中心供氧，吸引、病人传呼、通讯联络、多功能病床、自动升降等较为先进的装置，装有现代化网络系统及各种抢救治疗设施，它标志着医院建设和地区医疗卫生事业进入了一个新的发展阶段。